En el siglo XVI, llegaron al territorio  órdenes religiosas, como los dominicos y franciscanos que, junto con los mercedarios, realizaron una importante labor misionera que consistía en propagar la fe católica en los territorios recientemente conquistados y de educación. Con ayuda de la corona, los aportes de los vecinos y los recursos obtenidos a través del trabajo indígena, levantaron los primeros conventos y monasterios en Chile. Sumándose a estas órdenes, en 1595 arribaron también los agustinos.
En 1593 llegaron los  sacerdotes de la Compañía de Jesús e instalaron misiones, colegios y conventos a lo largo de todo el reino, adoptando una política de protección a la población indígena y convirtiéndose en  agentes de la colonización cristiana y en principales guías espirituales de la población.
Hubo también órdenes femeninas, como las Agustinas, Clarisas de Nuestra Señora de la Victoria, Capuchinas, Dominicas de Santa Rosa, las Carmelitas de San Rafael y la Compañía de María, las que tuvieron una importante y amplia labor social, pues se encargaron de la instrucción de las hijas de las familias acomodadas y también de acoger en sus conventos a huérfanas y mujeres que habían cometido alguna falta moral. 
Durante la colonia, frailes y religiosas de las distintas reglas gozaban de gran popularidad en la sociedad chilena, que les favorecía con limosnas, donaciones y herencias. Los jesuitas se convirtieron en los mayores prestamistas teniendo mucha influencia en lo económico.